首先，很多企業實際上對通過績效考核要解決什么，績效考核工作要達到什么目的缺乏清醒認識。現代管理理論認為，考核是對管理過程的一種控制，其核心的管理目標是通過評估員工的績效以及團隊、組織的績效，并通過對結果的反饋、分析績效差距來實現員工績效的提升，進而改善企業管理水平和業績。同時，考核的結果還可以用于確定員工的培訓、晉升、獎懲和薪酬。很多企業都僅僅將考核定位于確定利益分配的依據和工具，這確實會對員工帶來一定的激勵，但勢必使得考核存在變成“雙刃劍”的風險，好的績效評估制度可以激活整個組織，提升績效，否則會加大員工心理壓力，有悖初衷。
第二，考核的標準和內容不盡科學合理。考核標準應該根據員工的工作職能而不是職位設定。如考核標準不能從責任人承擔的工作職責特點出發，沒有個性和針對性，不論對誰均采取統一考核標準，必然有失偏頗和公平，從而導致評價結果失真，不能令責任人信服。考核的內容不夠完整，尤其是不能涵蓋全部的工作內容，或以偏概全，如關鍵績效指標有缺失等，將無法正確評價員工的真實工作績效。許多企業的考核內容大多千篇一律，不同類型部門考核內容差別不大，針對性不強，這在很大程度影響了考核結果的客觀性、真實性和準確性。
第三，績效管理制度不夠健全。有很多企業對績效考核采取暗箱操作，整個考核的設計、實施和評估完全由人事部門一手包辦，缺乏員工的充分參與，考核結果與責任人不能及時進行有效溝通，導致責任人不能理解考評結果而產生不滿情緒；還有的是把考核流于形式，對考核成果不予應用，挫傷業務骨干人員的工作積極性；還有的績效考核不能連續化、制度化，責任人不能從思想上、行動上真正重視績效考評工作，使績效考核的激勵作用不能得以體現，考核成果不能充分發揮作用。