績效考核的實施不是單一的，要和企業的組織架構、工作分析和薪酬管理相結合，最終形成績效考核管理方案，但是，中小企業管理建設中往往盲目發展績效建設，在還沒有基礎的前提下發展績效，實戰中只會讓企業更加傷痕累累，其中就有幾大重要問題困惱的中小企業人力資源管理部門。
脫離中小企業現實條件
現如今，很多國外先進的企業管理思想和方法被越來越多的企業管理者所采用，在部分企業成功的同時，相對多的企業盲目追求這類最新的實施方法，但是要知道中小企業，本身的發展戰略是很容易變動的，因此一般都處在未清晰狀態，如果貪大求全或者盲目追求，只會拔苗助長，很難推行到底。
績效考核與其他步驟脫節
很多企業甚至很多高層認為，績效考核就是績效管理，其實這是大錯特錯，他們只將業績考核指標進行量化，關心的也只是個人業績的考核指標合理性和評估的共平性，很大程度上忽視了除績效考核之外的，其他績效管理內容，如績效計劃、績效輔導、績效監督、績效溝通、績效改進，以及考核結果的應用，這些無法進行銜接，只會導致績效考核流于形式，效果不佳。
現在很多企業流行績效管理方法大多采用平衡計分卡，但是并不是所有的企業都適用，實行一套什么樣的管理制度要根據企業的管理水平所處的階段，就象種養什么樣的花需要什么樣的土壤一樣道理，仙人掌可以在沙漠里生長而玫瑰卻不行。