應用藥學專業畢業生主要分配到制藥廠和醫藥研究所從事各類藥物開發、研究、生產質量保證和合理用藥等方面的工作，也有很多人從事藥品銷售代理，從事藥品開發、研究的職業，對專業能力的要求非常高，相應的對學歷等各個方面的要求也會比較高。從事生產質量保證等工作，對學歷的要求沒有那么高，但對相關專業知識的要求依然是很嚴格的。比較之下，從事銷售工作專業要求要低一些，而更側重銷售能力，找工作不僅要看專業，還要根據自己不同的情況來選擇，應該考慮到自身的能力、特長和性格特點，熱門未必適合。不要因為藥品研發行業待遇高就以此為就業對象，衡量一下自己各個方面的能力是否符合要求，再對這個職業所具體從事的工作做一個初步的了解，看看自己的性格是否合適。
科研人員——在研究所、藥廠的研究部門，從事藥物的研發工作;
醫院藥劑師——在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;
藥檢人員——在藥檢所從事藥物的質量鑒定和制定相應的質量標準;
公司職員——在醫藥貿易公司或制藥企業從事藥品生產、流通及國內外貿易。