吉林大學古籍研究所是在教育部全國高校古籍整理委員會直接指導下的重點研究所，經吉林大學歷史系于省吾、金景芳兩位著名學者與當時歷史系主任張忠培教授的籌劃，于1983年8月創建的。吉林大學古籍研究所建立后，隸屬于全國高等學校古籍整理研究工作委員會，其工作受到高校古委員會的具體指導。吉林大學院系整合后，確定為部屬校管所，有獨立的行政機構和人員編制。
在國務院實行學位制度以來，古籍研究所就擁有中國古代史和考古學兩個博士點。后來，由于考古學系的建立，將考古學博士點移至考古學系，1998年古籍研究所依靠自身的力量，又申請下了歷史文獻學的博士點。現在古籍所擁有中國古代史和歷史文獻學兩個博士點和省重點學科――歷史文獻學。并與文學院歷史系、考古學系共同擁有歷史學博士后科研流動站。