吉林大學高等教育研究所始建于1986年5月，是我國最早成立的高等教育研究機構之一。2001年開始逐步轉型為以科學研究和研究生培養為主要職能的科研機構，并為學校提供有關政策和發展規劃等方面的咨詢服務。
研究所現有高等教育學、教育技術學、課程與教學論三個碩士學位授權點和一個教育碩士專業學位授權點，另外高等教育研究所與行政學院聯合申報的公共管理一級學科博士學位授權點已獲國家批準。全所共有專職教師12人，其中教授4人，副教授3人，講師5 人，教師隊伍中博士學位獲得者6人，在讀博士3人。2002年至今已經招收碩士學位研究生193人，授予碩士學位140人，在學研究生53人。2011年將開始在教育管理、現代教育技術、心理健康教育、學科課程論等專業招收專業學位研究生，并開始招收在職攻讀教育碩士專業學位研究生。
近五年來，教育科學研究取得了豐碩成果。專職教師發表學術論文182篇，其中在核心期刊發表論文118篇，在cssci以上期刊發表論文93篇，有多篇論文被《新華文摘》、《高等學校文科學報文摘》、《人大復印資料》全文轉載、轉摘，在國內學術界產生了較大影響。通過全所教師的不懈努力，近3年來獲得省部級以上課題7項，省部級獎勵8項，其他獎勵5項。
經過多年學術積累，研究所的學科建設取得了一定成績，初步形成了現代大學制度研究、網絡教育研究與應用、學位與研究生教育研究、超越式學習等比較穩定的研究方向，呈現較好的發展勢頭。近年來與國內外多所著名高校開展學術交流與合作，多次聘請國內外著名學者來所講學，開展各種類型學術活動，不斷擴大吉林大學教育學科在國內的影響。
受學校委托，高等教育研究所主辦《高教研究與實踐》學術期刊，刊物以服務學術、服務讀者為宗旨，立足于登載教育理論、教育熱點、教育政策、教育改革實驗、國外教育動態等方面學術文章，強調問題研究、關注高等教育實踐，注重教育理論與實踐研究的結合、宏觀研究與微觀研究的結合、探索性與指導性結合、學術性與可讀性結合，刊物質量不斷提升，受到了高等教育研究者和高校管理者的好評。
高等教育研究所將秉承學科興所、人才強所、民主管所的理念，以培養具有堅實理論基礎、較強實踐能力的高級人才為使命，形成良好的科學研究氛圍，以優秀的教育科學研究成果服務國家和社會，力爭在近期內把高等教育研究所辦成有特色有影響的教育研究機構。