據教育部、財政部等有關文件要求，2014級秋季學期入學的碩士研究生均須繳納學費。非定向就業全日制學術型碩士研究生的學費標準每生每年不超過8000元，定向就業學術型碩士研究生按相關規定繳納學費；非定向就業和定向就業全日制專業學位碩士研究生按相關規定繳納學費。具體收費標準按廣東省物價部門批復執行。
華南理工大學對新入學的優秀碩士研究生，設立“新生獎學金”，標準為10000元/人。對全日制碩士研究生設立“國家助學金”，每年不低于6000元/人；同時按一定比例設立“學業獎學金”，最高額度達12000元/年。在碩士研究生中，教育部設有“國家獎學金”，額度20000元/人。此外，學校還設有各類企業捐贈獎助學金，研究生可以通過申請“助教、助研、研管”崗位獲得更多資助。