對研究生質量的看重是與清華一貫倡導的質量觀相聯系的。“全面提高人才培養質量是清華大學現階段重中之重的任務。這里所說的質量既包括學生的學術水平與素養，也包括學生的社會意識與責任感，還包括學生在特定領域與崗位上，創造性運用知識、造福社會的能力。這些不僅是新時期實踐教育的新內涵，也是現階段大學乃至國家核心競爭力的重要體現。“清華大學校長顧秉林在接受記者采訪時說。
學校提出了以激發博士生創新活力為工作重心的研究生教育發展戰略，制定了清華大學“研究生教育創新計劃”。通過支持博士生出席國際會議、舉辦博士生學術論壇、聘請海外學者講學和研究生中外合作培養等方式，為研究生拓寬國際視野和提升創新能力創造條件。
“十五”期間，清華越來越多的博士生在所在領域的國際頂尖學術刊物上發表研究論文，包括以第一作者身份在《Nature》和《Science》上各發表兩篇論文。出境參加國際會議的研究生超過1000人次，其中有多人獲會議優秀論文獎。化學系的一名博士畢業生獲得國際純粹及應用化學聯合會評選的2005年度優秀博士論文獎——青年化學家獎。
自1999年教育部和國務院學位委員會開展“全國百篇優秀博士學位論文”評選工作以來至2006年的第八屆，共評出786篇全國優秀博士學位論文，清華入選62篇，名列全國高校前茅。
作為營造學術氛圍，鼓勵交流，激勵創新的重要措施之一，2002年3月學校啟動了博士生學術論壇活動。隨著論壇活動的不斷開展，廣大博士生已不再滿足于自身研究學科范圍內的交流，而是希望打破學科界限，與同一領域不同院系、不同學術背景的博士生圍繞特定專題展開深層次、多角度、全方位的橫向交流和探討，交叉學科的專題論壇應運而生。目前，清華大學研究生院已經搭建起以校內-全國-國際三級博士生學術論壇和研究生學術沙龍為主體的研究生學術交流平臺。