埃及有兩套并行的教育行政管理體制：世俗教育體制和愛資哈爾教育體系。在兩個體制之內任何水平的公立教育機構都是自由的。埃及政府負責管理教育的機構主要有3個：教育部、高等教育和科學研究部以及愛資哈爾宗教事務部。教育部負責中小學、中專中技、幼兒園及特殊教育。
高教科研部的主要任務是協調管理中等后教育，下設大學最高委員會，負責制定高等教育發展規劃，確定招生考試方面的事宜，管理其下屬的學校。大學最高委員會的成員為各大學校長和政府官員，主席由高教科研部部長兼任。
愛資哈爾宗教教育事務部負責計劃和管理愛資哈爾大學及全國各地的愛資哈爾中、小學校。這類學校的入學條件是必須是穆斯林，主要是為了促進穆斯林文化和阿拉伯語的傳播。
除了這兩個系統外，還有一些其他類型的學校直屬于國防部、社會服務部、財政部、旅游部、文化部等，招收的學生相對比較少。
政府負責兩個系統的教育經費，并且接受世界銀行、聯合國兒童基金會以及其他國家的教育援助。私立學校教育經費的主要來源是學生的學雜費，收費標準較高，這些學校同時也接受政府的資助。