吉林大學學科門類齊全，涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學、軍事學等全部12大學科門類;有博士學位授權一級學科39個，博士學位授權點240個，博士專業學位3個;有碩士學位授權一級學科52個，碩士學位授權點311個，碩士專業學位29個;有本科專業 124個;有博士后科研流動站37個;有一級學科國家重點學科4個(覆蓋17個二級學科)，二級學科國家重點學科15個，國家重點(培育)學科4個,省重點學科95個;有21個“211工程”重點學科建設項目;有5個新一輪“985工程”建設項目。
【一級學科國家重點學科】
◇ 數學
· 基礎數學
· 計算數學
· 概率論與數理統計
· 應用數學
· 運籌學與控制論
◇ 化學
· 無機化學
· 分析化學
· 有機化學
· 物理化學-含：化學物理
· 高分子化學與物理
◇ 機械工程
· 機械制造及其自動化
· 機械電子工程
· 機械設計及理論
· 車輛工程
◇ 地質資源與地質工程
· 礦產普查與勘探
· 地球探測與信息技術
· 地質工程
【二級學科國家重點學科】
馬克思主義哲學 數量經濟學
法學理論 刑法學
政治學理論 考古學及博物館學
原子與分子物理 凝聚態物理
生物化學與分子生物學 材料加工工程
微電子學與固體電子學 計算機軟件與理論
農業機械化工程 預防獸醫學
神經病學
【國家重點(培育)學科】
材料學 交通信息工程及控制
基礎獸醫學 技術經濟及管理
政治經濟學 世界經濟 人口、資源與環境經濟學
區域經濟學 刑法學 民商法學
政治學理論 國際政治 社會學
人口學 思想政治教育 漢語言文字學
中國現當代文學 日語語言文學 考古學及博物館學
歷史文獻學 基礎數學 應用數學