我校具有系統科學一級學科碩士學位授予權，分系統分析與集成和系統理論兩個碩士專業，其中系統分析與集成碩士專業始建于1998年，是學校的重點學科之一，主要研究方向包括復雜系統理論與應用、計算機控制與信息技術、大系統建模仿真與優化，經濟系統分析、模式識別與智能控制、信息系統分析與集成、智能測試系統等。現有教授8名，副教授11名，其中博士生導師2名。已經培養出碩士研究生96名，現有在讀研究生156 名。近年來主持有國家自然科學基金、江蘇省六大人才高峰、省科技發展計劃、省科技攻關等省部級以上項目10余項，獲得國家專利5項，省部級以上獎勵10余項，出版教材及專著10余部，發表在國內外重要刊物上的論文500余篇，其中被SCI、EI、ISTP等收錄100余篇。
本專業學制3年。主要課程有：矩陣論、現代分析、優化理論與方法、模糊控制技術、系統辨識與自適應控制、隨機控制、專家系統與人工智能、系統科學與工程、非線性理論與控制、嵌入式系統設計、系統模擬與仿真、計算機應用系統設計、模式識別、信息系統分析與設計、現代檢測技術與信息處理等。碩士學位獲得者可在科研院所、高等院校從事本專業或相近專業的科研或教學工作，可在自動化、IT等行業，社會、金融等領域從事系統建模、分析、控制、設計、開發和管理等工作。